Thursday, August 23, 2012

Percée dans la résistance au « SIDA du riz »


‘NIL 130’  a été nommée « meilleure variété de riz » sur sept en cours d’évaluation par une coopérative de producteurs à Gagnoa, Côte d’Ivoire. NIL 130 est une ‘lignée quasi-isogénique’ issue de la variété de riz ‘élite’ IR64 par l’introduction d’un gène de résistance au Virus de la panachure jaune du riz (RYMV) à travers un processus appelé ‘Sélection assistée par marqueurs’ (SAM).

« Le RYMV est probablement le stress qui  implique davantage l’utilisation de la biologie moléculaire au Centre duriz pour l’Afrique (AfricaRice), » a déclaré Dr Marie-Noëlle Ndjiondjop, biologiste moléculaire à AfricaRice. Le RYMV est appelée couramment « le SIDA du riz » !

Les travaux de SAM d’AfricaRice ciblant le RYMV se font en collaboration avec l’Institut de recherche pour le développement (IRD), Montpellier, France, et divers partenaires nationaux (SNRA).

AfricaRice a eu une collaboration fructueuse avec l’IRD sur le RYMV depuis 1994, peu après les premières apparitions dévastatrices de la maladie enregistrées dans différentes parties de l’Afrique de l’Ouest.

Le RYMV est une maladie de la production intensifiée du riz irrigué où des variétés à haut rendement ont été introduites, et la grande majorité des variétés irriguées sont extrêmement sensibles à cette maladie qui n’est présente qu’en Afrique.

En 1995, AfricaRice a découvert qu’une variété venue du Mozambique (Gigante) était presque immunisée contre le RYMV. La résistance de Gigante a été confirmée par Dr Ndjiondjop contre toute une gamme d’isolats du RYMV provenant de diverses localités.

La priorité des priorités a donc été donnée à la détermination de la base génétique de la résistance de Gigante. Le gène de résistance, rymv1-2, a été identifié et cartographié en 1999 par Dr Ndjiondjop dans le cadre de ses études doctorales à l’IRD.

« Nous utilisons à présent la sélection moléculaire pour améliorer la résistance au RYMV des cultivars élites de riz d’Afrique de l’Ouest, » a déclaré Ndjiondjop.

En 2005, un projet financé par l’USAID a permis à AfricaRice  d’utiliser la SAM pour introgresser (c.-à-d. incorporer ) rymv1-2 dans les cultivars élites de riz de quatre pays d’Afrique de l’Ouest (Burkina Faso, Gambie, Guinée et Mali) et d’introduire les travaux de marqueur moléculaire dans les programmes de sélection des SNRA.

Au moins deux variétés élites ont été proposées par chaque SNRA et rétrocroisées trois fois avec le donneur Gigante. Les lignées résistantes ont été identifiées à l’aide d’une combinaison des ‘gènes d’intérêt’ et du ‘fonds génétique’.

Les gènes d’intérêt se trouvent dans l’ADN près du gène de résistance au RYMV chez Gigante et montrent donc que toute plante possède ce gène, tandis que le fonds génétique provient de la variété élite et fait ressortir la similitude de la plante avec la variété élite.

Les lignées issues de ce croisement sont des lignées quasi-isogéniques ou NIL — c’est-à-dire qu’elles sont très similaires à la variété élite, à la différence qu’elles portent le gène de résistance au RYMV issu de Gigante.

Les lignées NIL prometteuses obtenues ont ensuite été criblées davantage en conditions contrôlées en utilisant un isolat de virus purifié. Les essais ont été réalisés dans des localités multiples dans les pays ciblés en vue de confirmer leur résistance à diverses populations naturelles du RYMV.

Les NIL (pures lignées de sélection) fixées résistantes au RYMV ont été ensuite envoyées aux SNRA en vue d’une évaluation complète et d’une incorporation dans les programmes de sélection pour la résistance.

La meilleure NIL issue de chaque parent élite a été sélectionnée pour des essais plus approfondis dans les quatre pays plus six autres pays (Côte d’Ivoire, Ghana, Liberia, Niger, Nigeria, Sierra Leone).

Cette activité a été financée par l’USAID à travers le Conseil Ouest et CentreAfricain pour la recherche et le développement agricole (CORAF/WECARD). Il est prévu que beaucoup de ces lignées — à l’instar de NIL 130 — soient homologuées dans certains de ces pays dans un futur proche.

En 2010, AfricaRice et l’IRD ont découvert un second gène de résistance, rymv2, et une nouvelle forme allélique du premier gène chez les variétés de riz africain (Oryza glaberrima). En guise de politique d’assurance contre le RYMV à contourner la résistance du gène unique, la stratégie de sélection d’AfricaRice est de ‘pyramider’ deux gènes de résistance dans les variétés pour les zones sensibles.